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財政部臺北市國稅局表示，納稅義務人申請以其所有或第三人所有之不動產作為應納稅款之擔保，如該不動產已設定最高限額抵押權，於計算該不動產價值時，應扣除該最高限額抵押權所擔保之最高限債權金額後認定。
該局指出，甲公司因欠繳營業稅250萬元，未提供相當擔保，依稅捐稽徵法第24條規定，報請財政部函請內政部入出國及移民署限制甲公司負責人出境，該公司欲提供第三人所有之土地及房屋各1筆作為應納稅款之擔保，向該局申請解除其負責人之出境限制。經查所提供之土地公告現值500萬元，房屋評定現值60萬元，依據財政部函釋規定，有關擔保品之估價，土地按公告現值加四成計算，房屋按評定現值加二成計算，該公司所提供擔保之不動產，經估價後總值為772萬元(500萬元×1.4+60萬元×1.2)。惟因該筆房屋及土地已向銀行設定最高限額抵押權1,000萬元，依法納稅義務人欠繳稅款達限制出境金額標準，而被依稅捐稽徵法第24條限制欠稅人或欠稅營利事業負責人出境，欠稅人如欲以其所有或第三人所有之不動產作為應納稅款之擔保，申請解除出境限制時，於計算該不動產價值時，應先扣除該不動產已設定最高限額抵押權所擔保之最高限債權金額後認定之。因此，本件提供之擔保品價值不足擔保所積欠之稅款，故仍無法解除甲公司負責人出境限制。

財政部臺北市國稅局表示，從事進口貿易的營利事業，應按實際購買價格列報進貨成本，若以非實際支付的費用虛增成本，將遭剔除補稅並處罰。
該局審核甲公司96年度營利事業所得稅結算申報案，發現該公司報關進口貨物時，貿易條件為CIF(已包含成本、保險費及運費之貿易條件)，即進口貨物報價已包含國際運費，然該公司又將所代付之國際運費20餘萬元列報進口貨物成本，致成本虛增，遭該局以虛列成本剔除補稅並處罰。

財政部臺北市國稅局表示，營利事業列報佣金支出，應提供仲介事實之證明，方得認列。
該局查核甲公司95年度營利事業所得稅結算申報案件，列報佣金支出800萬元，經查甲公司係經營IC晶片及記憶體之買賣業務，其主要銷貨對象分別為乙公司及丙公司，佣金受款人為A、B、C、D等4人，甲公司雖提示合約及佣金支付證明，惟經函查銷售對象乙公司及丙公司，均書面聲明與甲公司之交易未透過他人居間仲介，該局以甲公司無仲介事實，將佣金支出全數剔除。

財政部臺北市國稅局表示，本國金融事業為籌措資金，赴海外發行存託憑證，其委託國外發行機構代為辦理發行募集資金事宜，所給付予國外發行機構之酬勞，應依營業稅法所規定稅率，報繳營業稅。
該局說明，為擴大資金籌措來源，本國金融事業大多赴海外發行存託憑證等有價證券以募集資金，並委託當地之發行機構代為辦理發行事宜及募集資金，該當地之發行機構則依委託人（本國金融事業）之指示，將募集資金匯回本國金融事業指定之本國銀行帳戶中，而本國金融事業則於該國外發行機構提供勞務後，依約給付發行酬勞，若該國外發行機構在中華民國境內無固定營業場所，依加值型及非加值型營業稅法第36條規定，應由本國金融事業於給付勞務報酬之次期開始15日內，依法定營業稅稅率，計算營業稅額申報繳納。

財政部臺北市國稅局表示，為維護菸酒產銷秩序，保障消費安全，籲請民眾不要購買來路不明或價格不合理的菸酒產品並勇於檢舉。
該局說明，菸品健康福利捐自98年6月1日起調漲，以每包20枝香菸為例，應繳納之菸品健康福利捐由10元調漲為20元，另應繳納菸酒稅11.8元及5%營業稅(不含健康捐)，如屬進口菸品尚需課徵進口稅等。換言之，國產香菸每包成本應不低於32元，進口香菸每包成本應不低於35元。民眾於坊間購買之菸品如低於上開價格，很可能是涉嫌逃漏稅捐、來路不明之私劣菸品，對消費者健康將產生危害。

財政部臺北市國稅局表示，營業人依工程合約開立發票後，如無銷貨退回情事，僅因工程款未能如期收取，仍應依限申報銷售額及繳納營業稅。
該局查核甲營業人承攬工程，依營業人開立銷售憑證時限表規定係屬「包作業」，其開立銷售憑證時限係依工程合約所載每期應收價款時為限，該營業人已依工程合約所載每期應收價款時限，開立發票交付予買受人後，惟未能如期收到工程款，逾規定期限30日未申報銷售額及統一發票明細表，亦未按應納稅額繳納營業稅，經該局以違反營業稅法第35條第1項前段規定，除核定補徵稅額外，並依同法第51條第2款規定，按所漏稅額處罰鍰。甲營業人不服處分，主張因買受人惡性倒閉，致價款未能收取，亦無能力代買受人繳納稅款，循序提起復查、訴願及行政訴訟，經臺北高等行政法院判決駁回原告之訴，案告確定。

財政部臺北市國稅局表示，產製應徵貨物稅產品之產製廠商，應於開始產製貨物前，向工廠所在地主管稽徵機關申請辦理貨物稅廠商登記及產品登記。產製廠商申請登記事項有變更，或有合併、轉讓、解散或廢止，均應於事實發生日起15日內，向主管稽徵關申請變更或註銷登記，並繳清應納稅款。
該局指出，應徵貨物稅產製廠商應於開始產製前，依規定格式填具貨物稅廠商設立登記申請書，檢同廠商登記表等文件，送主管稽徵機關，經審查相符後准予登記。產製廠商以產製工廠為登記單位，同一公司如設數廠，應分別向工廠所在地主管稽徵機關辦理登記，並於開始產製應稅貨物前，向主管稽徵機關洽編產品編號及填具產品登記申請表，並檢同樣品4吋照片及使用圖樣或包裝用紙，送經主管稽徵機關審查相符者，准予登記。

財政部臺北市國稅局表示，經中央主管機關許可設立並監管之研究機構，若研究勞務收入不符免納營業稅規定，或有其他銷售貨物或勞務之事實，屬營業稅課稅範圍，應依規定報繳營業稅，經稽徵機關輔導或查獲，將予補稅或處罰。
該局說明，依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第8條第1項第31款規定，經主管機關核准設立之學術、科技研究機構提供之研究勞務，免徵營業稅；另依促進產業升級條例第20條規定，營利事業承接政府委託之研究發展計畫，免納營業稅。惟前揭研究機構若有在境內銷售貨物（例如銷售載明其研發成果之書籍或在中華民國境內出租財產予他人而收取租金收入等）或提供勞務(含不符合前開免稅規定之研究勞務收入)之情事，即屬營業稅課稅範圍仍應依法報繳營業稅。

財政部臺北市國稅局表示，稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員，為調查課稅資料，得向有關機關、團體或個人進行調查，要求提示有關文件，或通知納稅義務人，到達其辦公處所備詢，被調查者不得拒絕。
該局查獲轄區甲公司進貨，未依規定取得進項憑證，初查時甲公司未能提示相關帳證供核，乃依銷貨總金額按同業利潤標準毛利率計算其應取得之進項憑證金額，核認其未依規定取得進項憑證金額為1,200餘萬元，依稅捐稽徵法第44條規定處5 ﹪罰鍰60餘萬元，該公司提起行政救濟，經臺北高等行政法院判決以：稽徵機關之所以以同業利潤標準推估課稅所得，皆因納稅義務人不盡其協力義務，如不提供帳證，致使稽徵機關無法獲得正確之課稅基礎，倘稽徵機關已盡其調查義務，仍未能獲得必要之課稅事實時，均容許以推估之事實作為課稅基礎，則既得以推估方法課稅，自無不許以之作為漏稅處罰依據之理；甲公司於查核階段迄未能提示相關帳證供核，亦未能說明進銷貨物加值率偏高之原因，致該局無法獲得正確之課稅基礎，核認甲公司未依規定取得進項憑證，處5 ﹪之罰鍰，尚無不合，而予以駁回。

國稅局表示，颱風季節又將來臨，除應做好防颱準備外，小規模營業人如因災害影響無法營業者，應於災害發生後30日內，向所在地國稅局所屬分局、稽徵所、服務處申請扣除其未營業之天數，以降低當期營業稅額。

營業人在中華民國境內銷售貨物或勞務，應依加值型及非加值型營業稅法規定，就收取的全部代價開立統一發票，並申報及繳納營業稅。

財政部臺北市國稅局表示，營業人持百貨公司、量販店等開立之二聯式發票，要求換開三聯式發票，並據以申報扣抵銷項稅額，將因違反加值型及非加值型營業稅法第51條第5款有關虛報進項稅額規定，補稅處罰外，該等百貨公司、量飯店業者亦將因配合不法營業人換開立三聯式統一發票，提供非實際交易對象申報扣抵銷項稅額，涉嫌幫助他人逃漏稅捐，觸犯刑法移送法辦。
該局指出，邇來迭有發現營業人持百貨公司、量販店等開立之二聯式收銀機統一發票，要求百貨公司、量販店作廢後換開三聯式統一發票申報進項稅額，由於該等營業人與百貨公司、量販店等並無交易事實，卻以換開之三聯式統一發票申報不實進項稅額，已構成逃漏稅捐或冒退稅款之不法行為，經稽徵機關查獲，除補徵營業稅外並予以處罰。

國稅局表示，營業人以融資租賃方式租賃自用乘人小汽車所支付之進項稅額不得申報扣抵銷項稅額。

財政部臺北市國稅局表示，冷飲店與小吃店等營業性質特殊之營業人，可申請免用統一發票，但稽徵機關得視其實際營業規模，對具有使用統一發票能力者，核定其使用統一發票。
該局指出，近來常接獲民眾檢舉某些冷飲店或小吃店生意非常好，卻未見開立發票，向商家索取發票時，又被告知係屬免用統一發票之營業人，懷疑商家涉有逃漏稅情事。按加值型及非加值型營業稅法第32條規定，營業人銷售貨物或勞務，應依規定開立統一發票交付買受人，但營業性質特殊之營業人及小規模營業人，得掣發普通收據，免用統一發票，是以，營業人應否使用統一發票，視其銷售額及營業性質而定。

為執行「財政部98年度維護租稅公平重點工作營業稅選案查核作業」，本局已自98年4月1日起就轄區內營業人申報零稅率銷售額案件，進行營業稅選案查核，惟基於愛心辦稅之原則及當前經濟景氣之考量，本局呼籲，營業人如因一時不察而有虛報零稅率銷售額者，在未經檢舉及稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所轄分局、稽徵所或服務處自動補報補繳所漏稅款，依稅捐稽徵法第48條之1規定，除加計利息外，可以免除逃漏稅處1至10倍之罰鍰。