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財政部臺北市國稅局表示，營利事業短漏報課稅所得額，應處以所漏稅額2倍(已申報案件)或3倍(未申報案件)以下之處罰；如因受獎勵免稅或為營業虧損，經加計短漏之所得額後仍無應納稅額者，應就短漏報之所得額按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，依規定倍數處罰。但最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。
該局說明，所得稅法第110條規定係對納稅義務人違反誠實申報義務所為之處罰，該條第3項則針對營利事業因受獎勵免稅或為虧損，經加計短漏之所得額後仍無應納稅額時，短漏報所得額雖未涉及短漏稅額，仍應就短漏報之所得額按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，依規定倍數處罰。
該局指出，所得稅法第110條第3項規定於98年5月27日修正公布施行，並自98年5月29日生效，對依所得稅第110條第3項規定處罰案件，罰鍰金額訂定最高及最低限額；另依據稅捐稽徵法第48條之3規定，裁罰適用從新從輕原則。因此，本次所得稅法第110條第3項修正，截至98年5月29日未確定案件均有其適用，處罰金額最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。
該局舉例，甲公司96年度營利事業所得稅結算申報案，申報所得額為虧損，因虛報薪資148萬元，致虛增營業費用涉及短漏報所得額，經剔除後雖無應納稅額，仍應依所得稅法第110條第3項規定，就短漏之所得額（148萬元）依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額36萬元（148萬元×25%－1萬元）處以2倍以下之罰鍰，但依前揭修正後所得稅法第110條第3項規定，處罰最高不得超過9萬元，故上述案例國稅局裁處罰鍰金額為9萬元。